После долгого восстановления, сталкер Алгоритм решил вернуться в таинственную Зону подмосковных лесов. Однако, он обнаруживает, что очень многое изменилось, и в то же время остается неизменным. В этом опасном мире царствуют правила военных, мародеров и бандитских кланов, которые стремятся обладать абсолютной властью и навязывать свою волю окружающим. Мутанты, следуя новым инстинктам, неумолимо уничтожают все, что движется. Между тем, корпорации продолжают манипулировать аномальными энергиями, и, следовательно, коммерческая ценность артефактов только возрастает.
Однако, если бы не случайная помощь его старому товарищу, Алгоритм просто прошел бы мимо бесконечных конфликтов и разборок.