В раннем возрасте, Ян Черский, молодой и амбициозный, судьба которого была заранее предрешена, столкнулся с серьезными испытаниями. После Январского восстания 1863 года, его родину Польшу охватили тяжелые времена. Невзгоды преследовали его даже на родине, и Черскому пришлось отправиться в ссылку на Сибирь под стражей.
Суждено ему было прожить свою жизнь в изгнании, но судьба нашла способ кинуть ему жизненную соломинку. Встреча с прославленным академиком Петербургской Академии наук, А. Ф. Миддендорфом, положила начало новой главе в его жизни.
От географов и исследователей Сибири, Александра Чекановского и Бенедикта Дыбовского, Черский унаследовал страсть к познанию природы.