Основоположником зоологической и ботанической систем является великий шведский естествоиспытатель Карл Линней.
В основу систематики рыб в нашей стране положена система Л.С. Берга. В последние годы в эту систему внесены некоторые изменения и дополнения. Например, ликвидирован отряд Тунцеобразных (Thunniformes), а подотряд Костнощековидные (Cottoidei) из отряда Окунеобразных (Perciformes) выделен в самостоятельный отряд Скорпенообразных (Scorpaeniformes); большее количество семейств признается за самостоятельные. Произведена замена принятого Л.С. Бергом окончания – oidae в названиях надсемейств на окончание – oidea. Эти и другие изменения следует учитывать при работе с определителями.
В систематике животных и растений существует определенный порядок систематических категорий. Виды объединяются в роды, роды – в семейства, семейства – в отряды, отряды – в классы, а классы – в типы. Однако конкретное разнообразие органических форм не всегда укладывается в эти основные систематические группы, поэтому применяют некоторые промежуточные категории. В итоге полная современная схема систематических групп выглядит следующим образом: тип → подтип → надкласс → ряд → класс → ветвь → подкласс → надотряд → отряд → надсемейство → семейство → подсемейство → род → вид → подвид.
Основной систематической единицей является вид. Для его обозначения на латинском языке пользуются системой двойных названий (бинарная номенклатура). После вида указывают фамилию автора, который впервые описал этот вид, например окунь обыкновенный – Реrса fluviatilis Linne; окунь балхашский – Реrса schrenki Kessler.
В отечественной систематике рыб широко представлены внутривидовые таксономические категории: подвид, племя, раса, морфа. Для обозначения подвидов применяют триноминальную номенклатуру, т.е. к названию вида добавляют название подвида, например вид европейский елец Leuciscus leuciscus, а в Сибири обитает подвид Leuciscus leuciscus baicalensis.
Племя (natio) как бы подвид подвида. В обозначении нации или племени употребляют четыре наименования (родовое, видовое, подвидовое и племенное), причем перед племенным названием ставят слово natio (или сокращенно – n). Например, Coregonus lavaretus baeri natio swirensis Pravdin.
Раса и морфа относятся к группам, не связанным с определенным географическим ареалом.
Расой, или экотипом, называют стойкие вариации, которые отличаются от типичной формы определенной комбинацией признаков. Например, к расам относят различные формы сига, севанских форелей, карпа и др. Обычно раса (infraspecies) приурочена к определенным экологическим условиям, связанным с особенностями гидрологического режима (температурой, глубиной, грунтом), сроками нереста и так далее. Перед расовым названием обычно пишут таксономический термин infraspecies (сокращенно infrsp.). Например, рипус – Coregonus albula infraspecies ladogensis Pravdin.
Морфа (morpha), как и раса, не имеет определенного ареала и может встречаться вместе с основной формой. В отличие от расы морфа – наследственно неустойчивая категория и существует у многих видов рыб. Морфа обозначается путем присоединения наименования морфы вместе со словом morpha (или сокращенно m) к названию вида или подвида. Например, ручьевая форель – Salmo trutta morpha fario Iinne.