Великая Отечественная война явилась тяжелым испытанием для народа нашей страны, всех государственных органов советского государства, в том числе специальных его органов – разведки и контрразведки. Выполняя указания руководства страны, органы государственной безопасности в короткие сроки перестроили свою работу применительно к условиям военного времени. По мере накопления опыта были выработаны новые формы и методы борьбы с подрывной деятельностью разведки фашистской Германии, в том числе и в тылу немецко-фашистских захватчиков. Чекисты проникали в разведывательные и контрразведывательные органы противника, выявляли вражеских агентов, снабжали Красную армию важной информацией, нарушали работу железнодорожного и иного транспорта на оккупированной территории.
Гитлеровские спецслужбы – абвер и гестапо активно действовали на оккупированной советской территории. Гитлеровским агрессорам на первом этапе войны удалось захватить инициативу в свои руки благодаря более тщательной подготовке своих акций, успехам Вермахта на фронте и слабому противодействию советской стороны. Широкомасштабное применение немецко-фашистскими захватчиками различных средств пропаганды практически явилось своеобразной информационной интервенцией, которой нацисты хотели закрепить интервенцию военную. Через сеть своих служб и агентов оккупанты стремились к охвату всех групп населения. В этих планах они встретили достойный отпор со стороны сил советского сопротивления. В своей работе нацисты опирались как на собственные пропагандистские организации, созданные на оккупированной территории СССР, так и на службы в рейхе: министерство пропаганды, министерство по делам оккупированных восточных территорий, гестапо и Абвер. Значительное содействие им в выполнении этих задач оказали советские коллаборационисты.
Участие органов государственной безопасности в сопротивлении – в партизанском движении и в подполье – на оккупированной гитлеровцами территории в годы Великой Отечественной войны, не являлось стихийным, регламентировалось нормативными актами советского права. Работа чекистов в тылу врага, в том числе и по организации партизанского движения и подполья в городах, строилась на основании Конституции СССР 1936 г., совместных постановлений Совнаркома СССР и ЦК ВКП(б), ведомственных нормативных актах НКВД-НКГБ СССР.
Обеспечение безопасности партизанских формирований являлось одним из основных направлений деятельности органов государственной безопасности СССР на оккупированной советской территории и включало в себя такие формы борьбы, как своевременное получение информации о замыслах и планах гитлеровцев; выявление проникших в ряды партизан агентов спецслужб противника; проведение мероприятий по зашифровке и маскировке районов базирования партизан; поддержание совместно с командованием партизанских формирований установленного режима, обеспечивающего сохранение в тайне секретных сведений и предупреждение их утечки к противнику; тщательная проверка новых лиц, принимаемых в партизанские отряды; выявление причин и условий, снижавших боеспособность партизан и результативность проводимых боевых операций; обеспечение личной безопасности руководства партизанских формирований; участие в мероприятиях по дезинформации противника; разложение изменнических формирований; ликвидация лжепартизанских отрядов; выявление лиц, компрометировавших партизанское движение; выполнение специальных заданий Центра.