פרשנות מדעית ניתנת בסוגריים לאחר כל פסוק.
פרק 1
1 חזון נבואי שראה הנביא חבקוק. (ההצעה של אנשים "מעוניינים" לחבקוק היא ככל הנראה הכנסה מאוחרת יותר. תיארוך נבואותיו הוא שרירותי למדי).
2 עד מתי, ה', אזעק ולא תשמע, אצעק אליך אלימות ולא תציל? (יש מפרשי התנ"ך שסבורים שחבקוק, כמו נחום, היה נביא שקר, שבמקום להתנבא על הסכנה הקרובה, הטיף לחורבן הממשמש ובא של בבל, שכן צדק ה' אינו מסכים עם כוחם של הכשדים הרעים על " צדיק" יהודה).
3 למה אתה נותן לי לראות רשע ולראות אסונות? שוד ואלימות לפניי, ועולה איבה ומתעוררת מחלוקת. (מחלוקת ואלימות בכל מקום).
4 כתוצאה מכך, החוק איבד את כוחו, ואין דין נכון: כיון שהרשע מתגבר על הצדיק, אז מתרחש משפט מעוות. (המשפט אינו צודק).
5 הסתכלו בין העמים והבטו היטב, ותשתומם מאוד; כי דבר כזה אעשה בימיכם שלא תאמינו אילו יגידו לכם. ("שידורים" מאת יהוה, כלומר הכומר היהודי).
6 כי הנה, אני מקים את הכשדים, עם אכזר וסורר, ההולכים בכל רחבי הארץ להשתלט על כפרים שאינם שייכים להם. (אלוהים מאיים להקים את הכשדים, כלומר את הבבלים, נגד האנשים האשמים).
7 הוא נורא ואימתני; מעצמו בא שיקול דעתו וכוחו. (הבבלים הם יריבים מסוכנים).
8 סוסיו מהירים מנמרים ומהירים מזאבי הערב; הפרשים שלו דוהרים לכיוונים שונים; פרשיו באים מרחוק, עפים כמו נשר השועט על טרפו. (הבבלים הם יריבים מסוכנים).
9 כל מה שהוא הולך לשוד; כשפניו מכוונות קדימה, הוא לוקח משם שבויים כמו חול. (הבבלים הם שודדים).
10 ויגח למלכים, ונסיכים ישמשו לו לצחוק; הוא צוחק על כל מבצר: הוא בונה סוללת מצור ולוקח אותה. (הבבלים הם לוחמים מיומנים).
11 אז תתרומם רוחו, והוא הולך ומשתולל; כוחו הוא האל שלו. (כוחם של הבבלים הוא באל שלהם מרדוך).
12 אבל לא הייתם מימין ה' אלוקי קדושי? אנחנו לא נמות! אתה, אדוני, הרשית לו רק למען השיפוט. הסלע שלי! אתה מינית אותו לעונש. (הנביא עדיין מאמין שיהוה לא יאפשר את ההשמדה הסופית של העם ה"נבחר").
13 לא טבעי בעיניך הטהורות להביט במעשים הרעים, ולא תוכל להביט בדיכוי; למה אתה מסתכל על הנבלים ושותק כשהרשע זולל את הצדיק ממנו? ("הנביא מתאר את המצב כאילו מצביע על שנות מלכותו של נבוכדנצר השני בבבל – תקופת האפוגיה של כוחה של בבל. ותלונות על תסיסה פנימית והפקרות במדינה עשויות, אולי, לשמש ראיה לכך שהנביא היה באותה עת במולדתו. חלק זה של הנבואה, ככל הנראה, מתוארך לתקופת מלכותו של המלך יואכים, כלומר, זמן קצר לפני השבי הראשון בשנת 597. ראוי לציין שחבקוק, כאילו חוזר על ירמיהו, פונה אל יהוה באותה שאלה ביישנית על יחסו הבלתי מובן והבלתי הוגן של אלוהים לאנשים").