В январе 1613 года в Москве Земский собор выбрал нового царя. Из нескольких претендентов предпочтение было отдано Михаилу Романову. В ту пору ему было 16 лет. Большую роль в выборе нового царя сыграла все та же «семибоярщина», правившая Россией после свержения царя Василия Шуйского и пустившая поляков в Москву. Они специально выбрали царем молодого, неопытного в делах управления государством Михаила Романова. При новом царе «семибоярщина» не только не была распущена за предательства – пустили поляков в Москву, но и продолжала служить и давать царю советы. А патриотические настроенные руководители народного ополчения князья Пожарский, Трубецкой и гражданин Минин были отодвинуты на второй план и забыты. Советы «семибоярщины» были направлены на укрепление своей власти в государстве и ослабление царской власти. В результате смуты и неумелой политики молодого царя экономическое положение государства продолжало ухудшаться. Поэтому более сильные соседи – Польша и Швеция воспользовались этим и отобрали часть западных российских земель, например, Смоленск и Чернигов. Ногайская орда вышла из подчинения России.
После смерти Михаила в 1645 году царем стал его сын Алексей. Новый царь Алексей Михайлович за свой спокойный и кроткий нрав вошел в историю как Тишайший. Государство окрепло после смуты и в результате войн со Швецией и Польшей были возвращены русские города Смоленск, Киев и земли восточнее Днепра. Царь Алексей Михайлович поощрял торговлю с иностранными государствами. В Москве разрослось поселение иностранцев – немецкая слобода. Там жили не только немцы, но и выходцы из Дании, Франции и других стран. Это были купцы, ремесленники, служивые люди, взятые на военную службу к царю. Появились первые аптеки в Москве. Аптекарями и врачами были, в основном, немцы.
При царе Алексее Михайловиче официально произошло закрепление крестьян за помещиками и утвердилось крепостное право.
Южные земли русских княжеств, находившиеся под властью Речи Посполитой, назывались в то время Гетманщиной. Территорию Гетманщины Днепр разделял на две части. Левобережную (восточную часть Гетманщины) и правобережную (западную часть Гетманщины). Каждую часть Гетманщины возглавлял свой гетман. Он избирался на собрании казаков (так называли население этих земель). Гетманы подчинялись польскому королю. В 1648 году на Левобережной Гетманщине в ответ на притеснение поляками началось восстание казаков под предводительством Богдана Хмельницкого. Он был гетманом левобережной Гетманщины. Дело в том, что казаки как русские люди были православными, а поляки – католиками. Они хотели, чтобы казаки перешли в католическую веру, но те этому всячески противились. Вскоре казаки обратились с просьбой к православному русскому царю войти в состав Российского государства. И вот в январе 1654 года в городе Переяславле состоялась Рада казаков левобережной Гетманщины. Рада на старославянском языке означает собрание. Большинство казаков, проживающих на левобережной Гетманщине, решило перейти в подданство к русскому царю. А правобережные казаки остались под властью польского короля. Киев, находящийся на правом берегу опять отошел к Речи Посполитой.