Сергей Михайлович Труфанов родился 7 октября 1880 г. на хуторе Большом Мариинской станицы 1-го Донского округа Области Войска Донского.
Его родители «не знали ничего, кроме религии. Она наполняла всю их жизнь».
Отец, Михаил Максимилианович Труфанов, сын дьякона, с 1869 г. служил псаломщиком в Покровской церкви хутора Большого Мариинской станицы. Представители этого, по выражению современника, «несчастного загнанного сословия» получали 50 р. жалованья, от которых после вычетов оставалось всего 30 р. Но Михаил Максимилианович, «до глубины души верующий человек», смиренно нес свое служение, оставаясь в своем храме «целыми днями напролет». «…дьячок Михаил, сорок пять лет на одном и том же месте усердно поющий "аллилуиа"», – напишет его сын.
Мать, Надежда Евсеевна, была «простая, добрая женщина, отдавшая всю свою жизнь на воспитание детей». О ней сын отзовется с нехарактерной для него нежностью: «многоболезненная дорогая моя маменька». Она была родом из донских казаков. Ее отец погиб в Крымской войне, сражаясь на Кавказе против турок. В семье, как святыня, хранился окровавленный мундир, исколотый вражескими штыками.
Таким образом, Сергей был духовного сословия по отцу и казачьего происхождения по матери. Это сочетание объясняет многие перипетии его биографии. Материнское влияние в его крови было сильнее отцовского: лицом он походил на мать, а духом – на ее воинственных предков.
Сын казака, казак.
Так начиналась речь.
Родина. Враг. Мрак.
Всем головами лечь.
Он тоже любил эту риторику.
Из 13 детей, родившихся у Труфановых, пятеро умерли во младенчестве. Однажды, когда отец семейства заболел, Надежда оставила дома маленькую дочь и повела старших ребятишек в школу. Вернувшись, мать нашла ребенка мертвым.
Сергей Михайлович полагал, что причиной смерти его маленьких братьев и сестер было недоедание. Драматически описывал нищету, царившую в этом доме: весь семейный доход составлял 13 рублей в месяц, сидели на хлебе и воде, ели суп из одной лапши; как-то раз мать встала из-за стола, с плачем воскликнула: «Боже, как я прокормлю всех этих детей?» и упала в обморок.
Однако эти подробности весьма приукрашены. При крещении на младенца Сергея был надет золотой крестик, который чудесным образом всегда возвращался к своему владельцу. К праздникам мальчику шили обновку. Да и сам о. Илиодор однажды обмолвился, что «на Дону живут все в довольстве и не страдают так от безземелья и других бед, как во всей остальной России».
Выжили шесть братьев – Феофан (р.1873), Сергей, Михаил (р.1881), Максимилиан (р.1885), Александр (р.1887), Аполлон (р.1889) и две сестры – Александра (р.1878) и Евгения (р.1891). По-видимому, все сыновья обучались в Донской духовной семинарии. Затем трое продолжили образование в духовных академиях. Старший брат стал священником Пантелеймоновской церкви хутора Иванкова Каменской станицы, Михаил и Александр были псаломщиками соответственно хутора Крымского Кочетковской станицы и слободы Алексеевки. В 1916 г. Сергей упоминает, что из его братьев двое стали священниками, еще двое офицерами, один учителем. Учительницами были и обе дочери.
Михаил Михайлович Труфанов, «больной глазами», «человек грубоватый, прямой и нетерпеливый», имел дурную репутацию «пьяницы и безобразника». На правах лица «без определенных занятий» он жил в илиодоровском монастыре, откуда после ухода брата был изгнан.