Осенью 1939 года И. В. Сталин круто поменял внутриполитический курс. Это изменение было вызвано сменой его оценки внешнеполитической ситуации, прежде всего вероятности нападения фашистской Германии на СССР. В реальной истории Сталин после заключения договора Молотова – Риббентропа считал нападение Германии до 1942 года практически невероятным. В альтернативном варианте истории он пересмотрел свою позицию и начал серьезную подготовку к отражению вероятного нападения в 1940 году. Когда нападения не последовало, в связи с вторжением Германии во Францию, Сталин стал готовить страну к стратегической обороне в кампании 1941 года.
Были амнистированы уцелевшие в огне репрессий военные и гражданские специалисты. Сокращены сроки и облегчены условия содержания осужденным по политическим статьям рабочим и крестьянам. Осужденные рабочие и ремесленники привлечены к работе по специальности на военных заводах. Облегчено ведение личного подсобного хозяйства колхозниками.
В Красной Армии в качестве основной, вместо наступательной, введена оборонительная доктрина. Доктрина предусматривала глубоко эшелонированную позиционную оборону на трех оборонительных рубежах. Главный оборонительный рубеж создавался на основе существующей линии укрепрайонов вдоль старой границы (линии Сталина). Рубеж строился на основе дивизионных укрепрайонов и насыщался долговременными оборонительными сооружениями. На новой границе предусматривалась очаговая оборона основных дорог и направлений силами пограничных войск и войск прикрытия границ.
Между новой границей и линией Сталина создавалась зона укрепленного предполья шириной 200–300 км. В этой зоне все значимые мосты защищали опорные пункты. Все второстепенные мосты, путепроводы, водопропускные сооружения и дефиле минировали и готовили к подрыву. В лесах закладывали партизанские базы и формировали партизанские отряды. Задачей войск обороны границы и предполья ставилась задержка продвижения противника к главному рубежу на две недели с целью проведения в стране мобилизации и перевода экономики на военные рельсы. Под эту доктрину проведена оптимизация структуры и вооружения сухопутных войск. Большая часть авиации и все бронетанковые соединения отведены за главный рубеж. Все войска в предполье и на главном рубеже были развернуты по штатам военного времени.
В тылу по линии река Пярну – Псков – река Днепр – Николаев, в 150–350 километрах от главного рубежа, создавали тыловой оборонительный рубеж с полевыми укреплениями. На этом рубеже в мирное время оборудовали склады имущества и вооружения для развертывания по мобилизации двухсот дивизий, а также формировали кадровый костяк этих дивизий. Программа производства вооружений была пересмотрена в пользу модернизации имеющихся вооружений и выпуска запасных частей к ним вместо производства нового вооружения. Выпуск тяжелой артиллерии сокращен в пользу производства противотанкового вооружения, включая крупнокалиберные пулеметы и противотанковые ружья. Увеличено производство малокалиберной зенитной артиллерии. На флоте прекращено строительство линейного флота в пользу легких кораблей и подводных лодок.