Джецун Таранатха обрел рождение в Караге в 1575 году в роду великого тибетского переводчика Ра Лоцавы Дордже Драга. При рождении ему было дано имя Кунга Ньингпо. В возрасте одного года он заявил:
Я – мастер Кунга Дролчог.
Но это несколько лет держали в тайне, и только в возрасте четырех лет его привезли в монастырь Кунги Дролчога – Чолунг Джангце, где он был официально признан его воплощением. Затем начались годы интенсивного обучения и практики под руководством великих мастеров, многие из которых были учениками Кунги Дролчога.
Под руководством Джампа Лхундруба Таранатха изучал и осваивал различные дисциплины сутры и тантры. От Доринга Кунги Гьялцена он получил множество тантрических учений и посвящений, главным образом традиции Сакья раздела ламдре. Драгтопа Лхаванг Драгпа передал Таранатхе много тайных наставлений, в том числе шесть йог и махамудру, в результате чего в уме юного Таранатхи возникло высшее изначальное осознавание. Джедрунг Кунга Палзанг, племянник Кунги Дролчога, унаследовавший монастырский комплекс Джонанг, передал Таранатхе учения Калачакры и защитника Дхармы Махакалы, которые получил от дяди. От Лунгрига Гьямцо Таранатха получил множество передач, в том числе посвящение и объяснение Калачакра-тантры, тайные наставления по шести йогам Калачакры согласно традиции Джонанг и собрание сочинений всеведущего Долпопы Шераба Гьялцена. После чего Таранатха достиг высших результатов в практике шести йог.
Когда Таранатхе было четырнадцать лет, в Тибет прибыл индийский йогин Буддагуптанатха, впоследствии ставший одним из основных учителей Таранатхи. Сам Таранатха говорил, что своим пониманием учений Тайной мантры обязан лишь доброте Буддагуптанатхи. В те времена Тибет посещали и другие буддийские и небуддийские индийские йогины и ученые, такие как Балабхадра, Нирванашри, Пурнананда, Пурнаваджра, Кришнабхадра и другие. Некоторые из них даровали Таранатхе глубинные наставления, обучили его науке и перевели вместе с ним на тибетский язык санскритские рукописи. Часть переводов Таранатхи включена в тибетские канонические собрания кангьюра и тенгьюра.