В годы Гражданской войны в России формирование Красной Армии было связано со многими трудностями, обусловленными нехваткой опытных командных кадров, недостатком средств материально-технического снабжения, боеприпасов и оружия, нарушениями воинской дисциплины и порядка, дезертирством, которое иногда принимало массовый характер. С целью преодоления негативных явлений и укрепления морально-боевого духа войск принимались различные меры политического, воспитательного и репрессивного характера. Именно в годы Гражданской войны в РККА появились штрафные подразделения.
19 декабря 1918 г. на заседании Реввоенсовета Республики был рассмотрен вопрос об усилении борьбы с дезертирством. В постановлении РВСР отмечалось:
«…8. Одной из форм наказания для дезертиров является направление их в особые опороченные части (разработать положение об опороченных частях)…»
Так впервые родилась мысль о создании специальных частей для дезертиров, которая затем нашла свое воплощение в штрафных формированиях. Председатель Реввоенсовета Республики и один из создателей Красной Армии Л.Д. Троцкий тем временем наводил порядок на Южном фронте, где белые войска перехватили инициативу и перешли в наступление. 13 января 1919 г. он направил Реввоенсовету 9-й армии распоряжение № 262, в котором говорилось:
«В Камышинской группе разбежался 1-й Камышинский полк из местных уроженцев, преимущественно кулаков. Мною приказано дезертиров извлечь, разыскать и после наказания наиболее виновных составить из остальных штрафные роты или штрафной батальон смотря по числу. Опыт показал, что такие штрафные части из условно осужденных дезертиров сражаются потом храбро и становятся даже примерными частями. Но необходимо перевести означенные части из камышинского на другой фронт. Считаю наиболее целесообразным перевести на Балашовский фронт, как ближайший, с тем, чтобы вы отсюда удалили в распоряжение камышинского командующего соответственные же части, по возможности штрафные роты. Предлагаю по поводу этого сговориться с командованием Камышинской группы».
Этот документ можно считать одним из первых, послуживших основой для создания штрафных формирований в Красной Армии. 26 января Троцкий в своей телеграмме Реввоенсовету 10-й армии приказал всех прибывающих дезертиров немедленно разоружить, предать военно-полевому суду комсостав и наиболее виновных красноармейцев, а из остальных сформировать штрафные батальоны и направить их в распоряжение Реввоенсовета армии.
Меры, принятые председателем Реввоенсовета Республики, принесли свои плоды. В войсках Южного фронта удалось навести порядок и значительно повысить дисциплину и организованность. Они активизировали свои действия и перехватили инициативу из рук противника.
Наряду с этим во Всероссийском Главном штабе, который возглавлял бывший генерал Н.И. Раттэль, велась работа над документами, которые должны были организационно оформить идеи Троцкого о создании штрафных батальонов и рот. 3 июня 1919 г. заместитель председателя РВСР Э.М. Склянский подписывает приказ № 997 следующего содержания:
«1. Утвердить и ввести в действие прилагаемые при сем Положение о штрафных частях и штат отдельной штрафной роты.