Родился 15 января 1809 г. в предместье французского Безансона в семье крестьянина, переквалифицировавшегося в рабочего пивоваренного завода. Потеряв работу, отец организовал бочарное производство, которое закрылось за недостатком средств, и семья попала в тиски нищеты. Подобные перипетии с раннего детства влияли на формирование мировоззрения Прудона, родителям которого, тем не менее, удалось отправить его, по достижении 12-летнего возраста, в Безансонский колледж. Но и здесь недостаток средств вынуждает Прудона оставить учебу и определиться на работу в местную типографию. С 1831 г. Прудон в качестве наборщика много путешествует по Франции, затем возвращается в родной Безансон, где становится соучредителем новой типографии, самостоятельно изучает греческий и иврит, издает свое первое сочинение – Essai de grammaire générale (Опыт всеобщей грамматики). В 1838 г. Прудон получает стипендию Безансонской академии, которую присуждали малообеспеченным молодым ученым: на средства стипендии Прудон переезжает в Париж, где погружается в изучение К. Сен-Симона, Ш. Фурье, Ж.Б. Сэя, С. Сисмонди, Т. Мальтуса. По окончании стипендии Прудон работает секретарем в суде, приказчиком торгового дома, продолжает изучать труды прошлого, ведет собственные изыскания. Прудон считает, что причина бедности заключается в противоречиях экономического строя; в качестве инструмента для разрешения этих противоречий он формулирует концепцию натурального обмена, которую реализует на практике в проекте Banque d’echange (Банка обмена), более известного как Banque du peuple (Народный банк). Стараниями Прудона количество акционеров банка превысило 12 000 человек, размер капитала достиг 36 000 франков. Однако после того, как Прудон в 1849 г. публикует в своей газете Le Peuple (Народ) статью Le Président de la Republique est responsible (Президент Республики ответственен) c жесткой критикой действующей власти, его приговаривают к трехлетнему заключению и штрафу, в результате чего Прудон прекращает банковские занятия. До того на волне революции 1848 г. Прудона избирают депутатом Национального собрания, где он выступает с проектом выдачи беспроцентных кредитов для народа за счет повышения налогов (проект не был принят). В 1858 г. за издание книги De la justice dans la Révolution et dans l’Eglise (О справедливости в революции и в церкви) его осуждают на новый трехлетний срок, но Прудон успевает эмигрировать в Бельгию, откуда после амнистии в 1863 г. возвращается на родину, в Париж, где умирает в 1865 г.
Наиболее спорной из теорий Прудона считается Теория разделения труда, в описании которой он фактически пропагандирует возврат к системе организации труда, существовавшей до начала эпохи его разделения; в описании Теории народонаселения указывает на собственность как причину нищеты; в Теории конституированной (синтетической) стоимости предлагает в процессе купли-продажи исходить не из мнения покупателя и продавца (спроса и предложения), а из заранее подсчитанных трудозатрат и времени на производство продукта. Выдвинул еще целый ряд теорий и идей; считается одним из основателей идеологии анархизма, от возможности реализации которого отрекся незадолго до смерти.