В ночь на 17 июля 1918 года в Екатеринбурге, в Доме особого назначения, как называли большевики особняк Ипатьева во время содержания в нем семьи Романовых, раздались выстрелы. Их слышал, в частности, крестьянин Ф. Я. Буйвид, житель дома Попова, располагавшегося напротив ипатьевского особняка:
«…около 12 часов ночи я вышел во двор… Через некоторое время я услыхал глухие залпы, их было около 15, а затем отдельные выстрелы, их было 3 или 4, но эти выстрелы были не из винтовок произведены: было это после двух часов ночи; выстрелы были от ипатьевского дома и по звуку глухие, как бы произведенные в подвале. После этого я быстро ушел к себе в комнату».
Через несколько дней, 23 июля, большевики объявили о расстреле бывшего российского императора Николая II, «виновного в бесчисленных кровавых насилиях над русским народом», и об эвакуации из Екатеринбурга его семьи «в интересах обеспечения общественного спокойствия».
В ночь на 25 июля большевики отступили из города, и в него вошли части полковника Войцеховского. В тот же день офицеры Сибирской армии обнаружили, что в особняке Ипатьева, который большевики превратили в тюрьму для последнего российского императора и членов его семьи, узников нет, а обстановка в доме свидетельствует о том, что здесь было совершено убийство.
Начались поиски. Сначала это было инициативой офицеров, а затем начальник гарнизона генерал-майор Голицын создал особую комиссию под председательством полковника Шереховского. В ее состав входил судебный следователь А. П. Наметкин. Одновременно, по распоряжению Голицына, к работе приступил и Екатеринбургский военно-уголовный розыск. С 29 июля это уже было официальное предварительное следствие, вести которое поручили А. П. Наметкину. 7 августа дело было передано тоже члену суда И. А. Сергееву.
Расследование шло достаточно вяло, пока его 7 февраля 1919 года не принял к своему производству Н. А. Соколов. Он вел его по 14 июля 1919, пока работу не прервало наступление Красной Армии.
Суммарным итогом всех этапов расследования стала сложившаяся картина событий, которые начались в ночь на 17 июля в Доме особого назначения и завершились 19 июля в лесу под Екатеринбургом. В общем и целом эта картина выглядела следующим образом.
После расстрела трупы вывезли на грузовике в лес. Там большевики выставили оцепление и под страхом смерти не пропускали никого посторонних, коими были, главным образом, крестьяне близлежащей деревни Коптяки. Эти крестьяне слышали в лесу несколько взрывов гранат. Двумя днями позже, когда оцепление сняли, а большевики отступили из Екатеринбурга, коптяковские крестьяне пришли посмотреть, что же так тщательно охраняли комиссары в течение двух суток. Любознательные поисковики обнаружили кострища, в которых и возле которых нашли драгоценности. Вывод был однозначен: здесь сжигали трупы узников Ипатьевского дома.
Когда об этом стало известно властям, в лес приехали офицеры Сибирской армии, обследовали кострища около ближайших шахт, но трупов не обнаружили. При последующем глубоком исследовании района, включавшем откачку воды из всех находящихся в нем шахт, откачку воды из водоема (Ганиной ямы), было обнаружено большое количество фрагментов тканей одежды, фурнитуры, целых и разрушенных драгоценностей, фрагменты костей, много пуль и свинцовых сердечников от них.