Сразу после окончания школы, в 1948 году Леонид Абалкин поступил в Московский институт народного хозяйства на учетно-экономический факультет. Выбор места учебы был выбран по примеру профессии его родителей. В 1952 году он закончил институт, получив красный диплом. Именно в институте Леонид встретил свою судьбу – Анну Сатурову. Они поженились. К этому времени брат демобилизовался из армии, жить было негде, и при распределении решающим обстоятельством была возможность получить жилье для молодой семьи. Хотя Леонид и желал продолжить свое образование, ему все же пришлось отказаться от предложения поступления в аспирантуру. Тогда его распределили в г. Гусев Калининградской области, молодой семье здесь сразу предоставили однокомнатную квартиру, к тому же и ключ от сарая, где хранились дрова. В Москве об этом приходилось только мечтать. Именно здесь будущий академик начал свою взрослую жизнь. В 1953 г. у Абалкиных родился первый сын – Иван. К тому времени Леонид уже работал преподавателем Калининградского техникума, где вел курс статистики, финансов, затем политэкономии. Вскоре Абалкин был замечен руководством, он получает свое первое назначение. Становится заместителем директора техникума. Жизнь в Калининграде стала временем познавания жизни, Абалкин вел достаточно активный образ жизни, пытался найти себя в жизни, участвовал в общественной работе, занимался в драматическом кружке. Он укрепляется в своем желании стать ученым и решает осуществить свое давнишнее желание – поступить в аспирантуру. В 1958 г. он подает документы в аспирантуру Московского государственногоэкономического института. Хотя по его первоначальному плану он думал поступать в МИНХ, но по независящим от него причинам это было невозможно. Дело в том, что в МИНХе аспирантура была закрыта по обвинению в поддержке мелкобуржуазных отношений. Учеба в аспирантуре, где он познакомился с такими выдающимися учеными, как профессор Бирман, Каменицер и другие, повлияла на то, что у Абалкина появилась своя собственная «школа». С 1961 года Леонид начинает преподавать. К тому времени Московский государственный экономический институт и Московский институт народного хозяйства объединились. Он становится ассистентом кафедры политэкономии, где будет работать еще 15 лет, пройдя все ступени научной и педагогической карьеры: старший преподаватель, доцент, доктор экономических наук, профессор, заведующий кафедрой. Играл значительную роль в парткоме института. С 1966 по 1968 год даже являлся секретарем парткома института. Интересен случай, связанный с его назначением на эту должность. Тогда секретарем парткома можно было стать только после утверждения на заседании Секретариата, который вел Первый секретарь МГК, член Политбюро ЦК КПСС В.В. Гришин. И вот, когда Абалкина представили на заседании, по залу побежал шепот, а один из присутствовавших высказал недоумение: «Как же так, заведующий кафедрой и одновременно секретарь парткома?» Гришин не растерялся и заметил: «Почему ректор может быть заведующим кафедрой, а секретарь парткома нет?». В качестве заведующего кафедрой он проработал 10 лет.
Докторская диссертация, которую защитил Абалкин, была посвящена роли государства в регулировании социалистической экономики.