В день, когда Немо достиг своего пятнадцатого дня рождения, ему стало известно, что его родители исчезли во время своего путешествия к загадочной Планете сокровищ. Одаренный гениальным инженерным мастерством и являясь мастером пилотажа, Немо решает отремонтировать семейный корабль "Наутилус" и отправиться в едва уловимый след своих пропавших родителей. В то же время, из интерната с ним убегает загадочная девочка по имени Луна, имеющая необычные способности бионавигатора и биотрансформера. Однако, у Луны есть своя секретная тайна, которую она не желает раскрывать перед капитаном "Наутилуса". Впрочем, у самого Немо также оказывается множество скрытых секретов.
Во время их увлекательного приключения, друзьям придется столкнуться с ситуацией спасения враждующих племен на планете под названием Зипу, а также предотвратить ужасное преступление на Планете Банков.
